STUDI KOMPUTASI INTERAKSI ISOFLAVON DENGAN RESEPTOR ESTROGEN β MENGGUNAKAN METODE ONIOM

Budi Mulyati

Abstract


Reseptor Estrogen (RE) β merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pengganti pada wanita menopause dan obat kemoterapi melawan kanker. Isoflavon merupakan fitoestrogen yang dapat terikat pada kedua jenis estrogen reseptor dengan afinitas yang bervariasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE β serta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Tahap penelitian dimulai dengan optimasi struktur RE β (PDB kode 1QKM) kemudian dilakukan simulasi docking dan ligan dengan menggunakan autodock Vina dan ditentukan energi afinitasnya. Ligan yang digunakan pada penelitian ini adalah Faktor 2, Daidzein, Genistein, Glisitein, Kakkatin, Biochanin A, 6,4’-dihidroksi-7-metoksiisoflavon. Sebagai pembanding digunakan ligan alami Estrogen. Hasil penelitian ini menunjukkan energi afinitas RE β terhadap Faktor 2, Daidzein, Genestein, Kakkatin, 6,4’-dihidroksi-7-metoksiisoflavon, Glisitein, Biochanin A, berturut-turut adalah -6,7 kkal/mol; -6,5 kkal/mol; -6,3 kkal/mol; -5,9 kkal/mol; -5,4 kkal/mol; -4,8 kkal/mol dan -3,2 kkal/mol. Untuk mengetahui residu asam amino yang berikatan dengan ligan, hasil autodock vina diproses menggunakan Ligplus. Urutan potensi estrogenik dari perhitungan ONIOM pada Reseptor Estrogen β adalah Faktor 2 > Genestein > Daidzein> Kakkatin > Biochanin A > Glisitein > 6,4’-dihidroksi-7-metoksiisoflavon.

Keywords


Reseptor Estrogen β; Isoflavon; ONIOM

Full Text:

PDF

References


Achadiat, C.M. 2003, Klinik Net, (http://situs.keseproInfo/aging/jul/2003/ag01).

Allred, D Craig., Powel Brown, Daniel Medina. 2004, The Origin of Estrogen Receptor alpha-positive and estrogen alpha-negative human breast cancer. Texas, USA. Breast Cancer Research, vol. 6, hh. 240-245.

Anonim. 2010, ACD/Chemsketch 12.0 for Microsoft Windows. Reference Manual. Comprehensif Interface Description. Advance Chemistry Development, Inc. United States. Hh. 131-171.

Asih, I. A.R. Astiti. 2009, Isolasi dan Identifkasi Senyawa Isoflavon dari Kacang Kedelai (Glycine max). Jurusan Kimia

FMIPA Universitas Udayana, Bukit Jimbaran., Jurnal Kimia, vol. 3, no. 1, hh. 33-40.

Barz, W., Heskamp, Klus, K., Rehms, H. dan Steinkamp, R. 1993, Recent Aspect of Protein, Phytate and Isoflavone Metabolism by Microorganisms Isolated from Tempe-Fermentation, Tempo Workshop, Jakarta, 15 Februari 1993.

Barz, W. Ang G.B. Papendorf 1991, Metabolism of isoflavones and formation of factor-2 by tempeh producing microorganism. Tempeh Workshop, Cologne, 20 May 1991.

Bennion, B.J. 2005, Computational Characterization and Prediction of Estrogen Receptor Coactivator Binding Site Inhibitors, Lawrence Livermore National Laboratory.

Gyorgy, P., K. Murata, and H. Ikehata 1964, Antiokxidants isolated from fermented soybeans tempeh. Nature. 203, hh. 872-875.

Handayani, Ira. 2006, Studi Komputasi Interaksi 6,7,4’-trihidroksiisoflavon (faktor2) dengan Estrogen Reseptor β, Tesis tidak diterbitkan, Institut Teknologi Bandung.

Hanwell, Marcus D., Geoff Hutchison, Tim Vandermeersch 2010, Avogadro: Molecule Editor and Visualizer.

Humphrey, W., Dalke, A. and Schultenn, K 2011, VMD – Visual Molecular Dynamics.J. Molec. Graphics 1996. vol. 14, no. 1, hh. 33-38.

Kuiper, George G.J.M. 1998, ENDOCRINOLOGY: Interaction of Estrogenic Chemicals and Phytoestrogens with Estrogen Receptor β, The Endocrine Society. 139, hh. 4252-4263.

Murata, K. 1985, Formation of antioxidant and nutrient in tempe. Asian Symposium on Non-salted Soybean Fermentation, Tsukuba, Japan, July 14-16.

Naim, M. 1973, A new isoflavone from soybeans. Phytochemistry, vol. 12, hh. 169-171.

Prawiroharsono, S. 2001, Prospek dan Manfaat isoflavon untuk kesehatan, diakses 8 Februari 2005, (http://www.tempo.co.id/medika/arsip/042001/pus-s.htm).

Philips, James, Tim isgro, Marcos Sotomayor, Elisabeth Villa 2010, NAMD tutorial. University of Illinois at Urbana-Champaign. 7-35.

Siliger, Daniel, Bert L. de Groot 2010, Ligand Docking and Binding Site Analysis With Pymol and Autodock Vina. Computational Biomoleculer Dynamics Group, Max-Planck-Institute for Biophysical Chemistry, 112, hh. 625-632.

Schrodinger, LLC. 2010, Maestro Command Reference Manual. Version 9.1. New York, hh. 5-30.

Trott O, Olson A. 2010, Autodock Vina: Improving The Speed and Accuracy of Docking with A New Scoring Function, Efficient Optimization and Multithreading, J Comp Chem, vol. 31, hh. 455-461.

Wang, C. & M.S. Kurzer 2003, Phytoestrogen Concentration Determines Effects on DNA synthesis in Human Breast Cancer Cells. Nutrition and Cancer, 28 (3).

Wan.Y, Man. W.G, et al. 2008, The Red Clover (Trifolium pratense) Isoflavone Biochanin A inhibits aromatase activity and expression, British Journal of Nutrition, vol. 99, hh. 303-310.

Zilleken, F. 1986, First draft meeting on biotechnology, BPP Teknologi, Jakarta, 11 Maret 1986.




DOI: http://dx.doi.org/10.30870/educhemia.v1i2.767

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2019 Budi Mulyati

EduChemia Indexed by:

Hasil gambar untuk logo google scholar     Hasil gambar untuk logo DOAJ

 

 

Hasil gambar untuk logo IPI garuda

 

Hasil gambar untuk logo sinta dikti