Variasi DNA Mitokhondria dari Ikan kakap Putih Budidaya dan Dari Tangkapan Liar Di Thailand

Abstract

Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch) adalah salah satu ikan ekonomis penting yang benihnya dapat diproduksi Thailand. Data genetik merupakan salah satu aspek penting dalam mengatur pemijahan induk untuk pemuliaan, namun hingga saat ini informasi terkait keragaman genetiknya masih minim. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman dan perbedaan genetik kakap putih pada tiga populasi hatchery dan dua populasi alam di Thailand dengan menggunakan metode gabungan antara Restriction Fragment Length Polymorphisms dan Polymerase Chain Reaction (PCR-RFLP) pada D-loop control region di DNA mitokondria. Ditemukan tujuh potongan endonuklease dari 268 sampel yang diamati. Populasi alami Chantaburi (CH) memiliki keragaman haplotipe dan nukleotida tertinggi (h = 0.6626, π = 0.0554) dibandingkan populasi lainnya: tiga populasi hatcheri yaitu Rayong (RA), Chonburi (CB) dan Nakhon Si Thammarat (NK) ) (h berkisar antara 0.2709 – 0.3227; π berkisar antara 0.0195 – 0.386) dan populasi alam Nakhon Si Thammarat (PN) (h = 0.172, π = 0.0091). Mismatch distribution analysis mengungkap kejadian bottleneck pada beberapa generasi sebelumnya di populasi alam PN dan seluruh populasi hatcheri. Analysis of Molecular Variance (AMOVA) menunjukkan 88.95% keragaman disebabkan perbedaan dalam populasi dan 11.05 % disebabkan perbedaan antar populasi. Perbedaan genetik yang signifikan terdapat pada perbedaan antar populasi alam (ΦST = 0.239, P<0.001), namun perbedaan antar populasi hatchery tidak signifikan, menunjukkan terjadi pencampuran genetik sekerabat antar satu dengan hatcheri lainnya. Hal ini karena minimnya masukkan indukan baru dari alam. Kedua hal tersebut dapat menurunkan keragaman dan perbedaan genetik pada setiap populasi hatchery dan antar populasi hatchery. Data awal penelitian ini dapat digunakan untu